Buda elvesztése megrémítette az osztrák és a cseh rendeket, s így I. Ferdinánd a szokottnál nagyobb lendülettel kezdhetett ellentámadást szervezni. A készülődés Fráter Györgyöt óvatosságra késztette,mihamar újból alkudozni kezdett Ferdinánddal. A tárgyalások 1541. december 29-én eredményre vezettek: a Gyalu várában tárgyaló megbízottak megegyeztek abban, hogy Magyarországot a Habsburgok jogara alatt egyesítik, a Szapolyai család pedig Szepes várát és tartozékait kapja kárpótlásul.

I. Ferdinánd 1542-es hadjárata, bár 50 000 embernél többet tudott fegyverbe szólítani, kudarccal végződött: Pest alatt folytatott pár napos csatározás után a keresztény sereg visszavonult, majd szinte teljesen szétzülött.Ezután a német birodalom erejét újra lekötötte a francia háború – a szultán pedig 1543-ban támadásra küldte a magyarországi helyőrségeket. Még ez évben elesett Valpó, Siklós, Pécs, Esztergom, Tata és Székesfehérvár,1544-ben  pedig Visegrád, Nógrád és Hatvan.I. Ferdinánd úgy döntött, hogy nem folytatja a reménytelenné vált küzdelmet. 1545. november 10-én követei aláírják Drinápolyban a fegyverszüneti okmányokat a törökkel.

A Tordára összehívott erdélyi országgyűlés megújította a három nemzet unióját; a szászok tiltakozása ellenére lemondott a gyalui megállapodásról; elismerte János Zsigmondot (azaz „II. János választott magyar királyt”) a tartomány uralkodójának;végül pedig megszavazta a török által kért adót.  Dévát és Görgényt Fráter György visszakapta volt itteni főkapitányától, Bornemisza Boldizsártól, a tett szolgálatokért Rareş Péter jószágaiból kárpótolva azt (Küküllő várával). Fogarast a Maylád família egyelőre megtarthatta, de a sztambuli rab Maylád István felesége, Nádasdy Katalin természetesen kénytelen volt mindenben engedelmeskedni Izabellának és helytartójának.A központi hatalom erejét gyarapította a észak-erdélyi kővári uradalom, meg a tőle nem messze, a Szamos völgyében Fráter György által emelt új erősség, Bálványos vára.Az amúgy sem sok erdélyi nagybirtokból csak néhány maradt arisztokrata családok kezén. Vajdahunyadot enyingi Török János szerezte meg, Marosvécsen a nagyratörő Kendiek rendezkedtek be, Csicsót pedig – igaz, a vár lerombolása után – a további betörések megelőzése érdekében visszaadták Rareş Péternek.
 

Nehezebben ment, s más viszonyokat eredményezett a Tiszántúl behódolása. A keleti Magyar Királyság ekkor Máramaros, Szabolcs, Szatmár, Közép-Szolnok, Bihar, Külső-Szolnok, Békés, Csongrád, Arad, Csanád megyéket és a Temesközt foglalta magába,Várad és Lippa jelentős erőforrás volt. A Temesköznek Petrovics Péter gyakorlatilag korlátlan ura volt, s csak a közös politikai cél meg a Szapolyaiakhoz való hűség késztette együttműködésre a baráttal. Czeczey Lénárt Kassát Fráter György familiárisaként ugyanígy kormányozta. Máramarostól Krasznáig a Drágffy–Perényi atyafiság, az ecsedi és somlyai Báthoriak; Békésben a Patócsyak; a Maros mentén a Jaksicsok számítottak „kiskirályoknak”; Debrecen az enyingi Törököké maradt. A bizonytalan határterületen, Zemplén, Borsod, Abaúj és környékén a Balassák, Losonciak, Bebekek és homonnai Drugethek szintén nagyfokú önállóságot élveztek.Ilyen körülmények között nem csoda, hogy – különösen az 1542-es nagy várakozás idején – ez a terület ismételten szembefordult Fráter György akaratával,és inkább Habsburg Ferdinánd felé kacsintgatott. Ferdinánd pesti kudarca azután lehűtötte a kedélyeket, a derecskei országgyűlés már 1542 végén hozzájárult a Fráter György által kért török adó megfizetéséhez. Ezután már csak ecsedi Báthori András meg Hagymásy Kristóf huszti várnagy őrzött meg valamelyes függetlenséget.Fráter György eközben Nagylakot, a Jaksicsok fő fészkét, valamint Csanádot (püspöki székhely) a királyné nevében egyszerűen megszállatta. Kisvárdát, a Várdayak fő birtokát szintúgy. Drágffy Gáspár halálakor a család hatalmas vagyona egyetlen kisfiúra maradt – Fráter György mint gyám tehette rá kezét Tasnád, Erdőd, Valkó fontos erősségeire.

Fráter György teljes egészében ellenőrzése alatt tartotta az állam pénzügyeit,s főként emiatt Izabella királynéval sokszor vált feszültté a viszonya. A személyes ellentétek is számítottak: a krakkói udvarban nevelkedett elkényeztetett Jagelló hercegnő nehezen alkalmazkodott György barát rideg modorához. Fráter György vaskézzel építette ki a központi hatalom alapjait,az ő kezében volt a politikai tapasztalat és a gazdasági erőforrások nagy része – de Izabelláé volt a jog és az uralkodói hatalom hagyománya. Az első években, talán csak sértettségből, a királyné a gyalui egyezség végrehajtását követelve igyekezett útját állni a helytartó hatalma erősödésének. A legelszántabb Szapolyai-hívek, Petrovics Péter, Kendi Ferenc, Patócsy Ferenc és társaik szívesen lázongtak a barát gyűlölt hatalma ellen, de az 1543–44-es török győzelmeket látva ők sem  kockáztatták a nyílt színvallást. A gyalui kérdés jó időre lekerült a napirendről.

1546 elején ,Sztambul,keményebben lépett föl a Szapolyai-országrésszel szemben. Követelni kezdte Becse és Becskerek várának átengedését. Gyulafehérvárott nagy felzúdulást váltott ki az ügy. Fráter György azonnal kérvényezi a szultánnál, vonja vissza a követelést – közben pedig otthon küzd a jó alkalmat azonnal kihasználó Izabella ellen.A királyné unszolására,az erdélyi-tiszántúli rendek, az 1546. őszi kolozsvári országgyűlésen határozatban kötelezték a helytartót az állami pénzügyekkel való nyilvános elszámolásra.A barát hosszú alkudozás révén kiegyezett Izabellával – ennek fejében meg kellett ígérnie, hogy ezentúl őt is belevonja az államügyek intézésébe.

A következő, 1547-es esztendő változást hozott az európai politikában. Március 31-én meghalt I. Ferenc francia király, a Habsburg-ház esküdt ellensége. Április 24-én V. Károly seregei Mühlberg mellett döntő győzelmet arattak a lázadó protestáns fejedelmek (a schmalkaldeni szövetség) fölött. Végül pedig június 19-én Sztambulban aláírták a békét a német-római császár és a török szultán között.Izabella tanácsosai – Fráter Györggyel az élükön –,  kétségbeesett üzenetben kérték V. Károlyt, ne hagyja jóvá a békekötést, mert félő, hogy abból a békéből Magyarország végromlása következik. „Mert semmiféle béke nem lehetséges oly ellenséggel, ki nemcsak mint elébb, meghódolásunkat kívánja, hanem életünkre is acsarkodik. Ki, miután eddig adóval is megelégedett, most mind több és több várat követel, mind újabb alkalmakat keres romlásunkra… Ne engedje tehát a császár a sürgető szükségnek és saját hadi készültségének ezen alkalmas idejét elosonni anélkül, hogy Magyarország megszabadítását megkísérelné… Ezenkívül [Erdélyt] áthatolhatatlan havasok veszik körül, szoros útjain kisebb fegyveres erővel is megvédelmezhető. De ha egyszer elveszett, nem lesz könnyen visszafoglalható… Mivel a becsület és a hűség nem engedi, hogy a királynétól és ártatlan fiától elszakadjunk, méltóztassék őfelségeikről a szerződések szerint intézkedni."V. Károly azonban nem tudott hinni abban, hogy Mühlberg megoldotta volna a birodalom belső bajait, s ezért ragaszkodott a Portával kötött békéhez. Idehaza pedig folytatódott a belharc,a rendek többsége változatlanul a barátot, annak  hatalomvágyát hibáztatta az országszakadás fennmaradásáért, Izabella királyné pedig ismét önállósította magát, s 1548 tavaszán alkudozni kezdett I. Ferdinánddal saját esetleges távozásáról.Fráter György eközben maga is tárgyalni kezdett Béccsel, újból fölajánlva a gyalui szerződés végrehajtását.Ferdinánd király nehéz választás elé került.Hosszas, egy évnél tovább tartó huzavonába került, míg végre Ferdinánd belement, hogy csapatokat küld majd új tartománya védelmére. 1549 szeptemberében, Nyírbátorban írták alá az új egyezséget, amely az előbbi ponton kívül még Izabella és „János király fia” kártalanításáról intézkedett (ezúttal két sziléziai hercegséget, Oppelnt és Ratibort ígérve nekik). Kimondták, hogy a megállapodást titokban kell tartani, s leszögezték, hogy – Erdélyt ,I. Ferdinánd nevében is a barát fogja kormányozni.

Izabella királynét senki sem tájékoztatta, mire készülnek Nyírbátorban. Ő a kritikus napokban Déva várában időzött,a megállapodás hírére azonban azonnal szervezni kezdte híveit. A dinasztiája hatalmához mindvégig ragaszkodó asszony most még arra is képes volt, hogy a szultánnak jelentse Fráter György „árulását”.A Porta már korábban, Bécsből kiszivárgott hírek alapján is tudott a dologról, most viszont csauszt is küldött Gyulafehérvárra azzal a paranccsal, hogy a helytartót el kell fogni, vagy ki kell végezni. A Szapolyai-politika hívei, akik most már nyíltan és okkal szegülhettek szembe Fráter Györggyel, fegyverhez nyúltak. Petrovics Péter a temesi tartomány hadaival benyomult a Maros völgyébe, a székelyek lázadozni kezdtek, a rendek egy része pedig, Kendi Ferenc és Bethlen Farkas vezetésével, várakozó álláspontra helyezkedett. 1550 szeptemberének elején a barát ellentámadásra indult, s ostrom alá vette Izabella királynét Gyulafehérvárott. Hat heti harc után az asszony föladta a küzdelmet, s követek útján tudatta a baráttal, ismét „kegyeibe fogadja”. Ezalatt a  Szapolyai-állam ellen egyszerre háromfelől is támadás indult: Kászim budai pasa Lippánál, a moldvai had Berecknél, a havasalföldi vajda a Vöröstoronyi-szorosban tört földjére. A barát október 29-re fegyveres országgyűlést hívott össze Tordára,november elején meg is fordította a hadi helyzetet: Petrovics Péter temesközi várait Varkocs Tamás váradi kapitány rohanta le, Éliás (Ilie) moldvai vajdát maga György barát szorította ki a Kárpátokon, a havaselvieket Kendi János futamította meg, Kászim pasát pedig Török János hunyadi főispán kényszerítette visszafordulásra.

A nagy veszedelem elmúlt, a királyné megtört. November 30-án, Gyulafehérvárott látványos könnyhullatással békült ki a helytartóval, fogadta el a bátori egyezséget. A barát pedig most már végképp meggyőződött róla, hogy a királyné jelenléte csak tehertétel,ezért elszánta magát arra, hogy nekikezd a bátori egyezmény végrehajtásának.Eközben, I. Ferdinánd 1550-ben az augsburgi birodalmi gyűlésen életében először komolyan összeveszett bátyjával, V. Károllyal,így az öcs nem számíthatott többé a Német Birodalom segítségére a tervezett erdélyi vállalkozásban. A király egy pillanatra el is bizonytalanodott, s fölajánlotta Fráter Györgynek, halasszák el a megállapodás végrehajtását. A helytartó azonban már túl messzire ment ahhoz, hogy egyszerűen visszaléphessen. Izabella külön is gondoskodott róla, hogy lépéskényszerbe kerüljön: ismét jelentkezett a szultánnál, újból panaszt emelt a barát „árulása” miatt, s fiának az „Erdély királya” címet kérte. Leghűbb szövetségese, Petrovics Péter, s többi párthíve, a békési nagyúr Patócsy Ferenc, a felvidéki arisztokrata Balassa Menyhárt most is támogatták. Petrovics még azt is megtette, hogy fölajánlotta a rég vitatott Becsét és Becskereket a töröknek – amennyiben az a helytartót letaszítja posztjáról. 1551 májusában újból kitört a lázadás Erdélyben, Gyulafehérvárat Fráter Györgynek ismét szabályos ostrom alá kellett fognia.

I. Ferdinánd, nem mervén vállalni, hogy a 25 éve várt kedvező pillanat eljöttekor gyengének mutatkozzék, 1551 nyarán hadat indított Erdély átvételére Giovanni Battista Castaldo olasz zsoldosvezér, Nádasdy Tamás országbíró és Losonczi István vezetésével. A létszám alig 6–7000 fő. Fráter György ezalatt június elején csatát nyert az Izabella felmentésére siető Balassa Menyhárt és Petrovics Péter hadával szemben, június 7-én pedig Gyulafehérvár is megadta magát. 19-én Izabella királyné a gyermek II. János király (János Zsigmond) nevében kétségbeesve fogadta el a Szászsebesen előkészített, György barát által elébe rakott lemondó nyilatkozatot. Castaldo bevonult Gyulafehérvárra, Báthori András röviddel rá átvette a tervesi tartomány kormányzását. Július 26-án a kolozsvári országgyűlés is tudomásul vette királynéja lemondását, s I. Ferdinánd uralmának helyreállítását. Augusztus 8-án Izabella távozott Erdélyből, előbb Kassára, majd Sziléziába utazván.