1438-ban a Hunyad megyei Vaskapu-szoroson keresztül török–román–szerb sereg nyomult be. Ezúttal nem a rablásból élő könnyű lovas martalócok szokványos beütéséről volt szó, hanem II. Murád szultán személyesen irányított hadseregéröl. A török támadókat Vlad Dracul havaselvi vajda, korábban Zsigmond hűbérese kísérte. Szebent nyolc napon át ostromolták, mivel azonban a város sikeresen ellenállt, Gyulafehérvárat és Küküllővárat rohanták meg és rabolták ki. Közel két hónapon át tartó pusztítás után nagy prédával és sok ezer rabbal a Barcaságon át elhagyták az országot. Az esetnek, s különösen Szeben hősi védekezésének nagy nemzetközi visszhangja támadt, az egykorú bizánci, lengyel, osztrák krónikák mind megemlékeznek róla.A török támadások Magyarország egész déli határának mentén sűrűn ismétlődtek.Albert váratlan halála után az új király, a lengyel I. Ulászló legfőbb céljának a törökellenes harcot tekintette. A nagy feladatra újlaki Miklós macsói bánt és ennek régi fegyvertársát, Hunyadi János szörényi bánt szemelte ki, régi tisztségeik meghagyása mellett székely és temesi ispánokká és erdélyi vajdákká nevezve ki őket.

Hunyadi apja,Vajk,valószínűleg Havasalföldről bevándorolt bojárcsalád tagja, királyi udvari lovag, 1409-ben kapta adományba a király személye mellett teljesített katonai szolgálataiért Hunyad uradalmát. Fia, akit a kortársak Luxemburgi Zsigmond császár-király természetes gyermekének tartottak, előbb Csáky György székely ispán, majd Lazarevics István szerb despota oldalán katonáskodott, azután későbbi vajdatársa, Újlaki Miklós bátyjának, szintén macsói bánnak szolgálatába lépett. Már híres törökverő vitéz kísérte Zsigmond királyt 1431-ben Olaszországba, ahol két évig volt Filippo Visconti milánói herceg zsoldoskapitánya. Hazatérése után állandóan királya környezetében tartózkodott ennek haláláig. Albert király a szakadatlan török támadásoknak kitett Szörényi bánság élére nevezte ki, I. Ulászló pedig rá bízta a törökellenes hadjáratok vezetését. Érdemeit a királyi kegy bőségesen jutalmazta, rövid idő alatt az ország keleti felében hatalmas magánbirtok tulajdonosává lett: birtokai mintegy 4 millió katasztrális holdat tettek ki, egymillió hold Erdély területére esett.1442-ben védelmeznie kellett Erdélyt a Mezid bég vezetése alatt behatoló török sereg ellen. Szentimre mellett csatát vesztett ugyan, s Lépes György püspök is elesett, az Újlaki Miklós által hozott segítség azonban lehetővé tette, hogy a Szeben ostromára induló ellenséget csatára kényszerítse és teljesen megsemmisítse. Mezid holtan maradt a csatatéren, s menekülő csapatai után nyomulva Hunyadi Havasalföldet is felszabadította. 1443-ban maga indult támadásra, és győztes csaták után a Balkán hegységen is átkelt, de a zord időjárás visszatérésre kényszerítette. Bár 1444-ben Várnánál újabb hadjárata vereséggel végződött, s Ulászló király is áldozatul esett, a magyar határok hosszú időre mentesültek a közvetlen veszedelemtől.

V. László király (1440–1457) kiskorúsága idejére Hunyadit,Magyarország kormányzójává választották. Harmadik balkáni hadjárata nem járt eredménnyel, a szerbiai Rigómezőn (Kosovopolje) 1448-ban csatát vesztett. Ezzel nemcsak a magyar hatalom balkáni vezető szerepe tűnt le, hanem a szerb nép szabadságharca is elbukott. 1456-ban azonban Konstantinápoly meghódítójának, II. Mohamed szultánnak Nándorfehérvárt (a mai BELGRÁD) ostromló seregét szórta szét. A nagy diadal után, melynek emlékét őrzi a pápa által buzdításul elrendelt déli harangszó, a török évtizedekig nem mert magyar földre betörni. Hunyadit a táborában pusztító pestisjárvány vitte el. Testét Gyulafehérvárt helyezték örök nyugalomra. Hatalmára féltékeny ellenfelei megpróbálták fiaitól vagyonát és politikai örökségét elragadni. Hunyadi László, fő ellenfelét, Cillei Ulrikot megölte, ezért ő maga hóhérbárd alatt végezte . A kisebbik fiút, Mátyást azonban, elsősorban a köznemességnek és családja nagyszámú familiárisainak fegyveres fellépésére 1458-ban királlyá választották.

Az új uralkodót Erdélyben bizalmatlanság fogadta,nemcsak őt, hanem erőszakos természetéről hírhedt anyai nagybátyját, Szilágyi Mihályt is, aki öccse nevében kormányzott. Hunyadi legértékesebb birtokát, az örökös grófi címmel együtt járó besztercei kerületet, Szilágyi magának adományoztatta. Nem törődve a beszterceieknek elődje által biztosított kiváltságaival, egyszerű jobbágyokként kezdte őket kezelni. Várnagyainak visszaélései 1458-ban felkelést idéztek elő. Szilágyi megostromolta és feldúlta a várost, az ellenszegülőkön pedig véres bosszút állt. Mátyás, a rend felborulásától tartva, nagybátyját megfosztotta hatalmától, és a kormányzást maga vette kezébe. 1465-ben visszaállította Beszterce ősi szabadságát, a szászokat azután is elhalmozta kegyeivel, nyilván a tőlük remélt anyagi szolgáltatások fejében.A hangulat azonban nem enyhült vele szemben. Költséges hadjáratainak terhei s az erős kéztől elszokott főnemességgel szemben tanúsított szigora országszerte ellenzéki mozgalmakra vezettek. 1467-ben az erdélyi nemesség Farnasi Veres Benedek vezetésével fegyvert fogott a király ellen, csatlakozásra bírva Szentgyörgyi János vajdát is, akinek a független erdélyi hercegség feletti uralmat helyezték kilátásba. Szász és székely előkelők is részt vettek a lázadásban. Mátyás gyors közbelépésével meglepte a szervezetlen felkelőket . Csak Károly Róbertnek, László vajda bukása után végrehajtott birtokelkobzásaihoz mérhető csapás érte az erdélyi nemességet Mátyás büntető keze által. Évszázadok óta begyökerezett nagy családok – mint a Farnasi Veres, Suki, Módi, Kecseti, Drági, Bogáti, Losonci Dezsőfi, Somkeréki Erdélyi, Dobokai, Illyei, Folti – lázadó tagjai egyik napról a másikra földönfutókká lettek. A király birtokaikat rokonainak és kipróbált híveinek, elsősorban az új vajdának, Dengelegi Pongrác Jánosnak és Csupor Miklósnak, továbbá Nádasdi Ungor Jánosnak adományozta. Nemcsak a nemesek, hanem a székely és szász lázadók is bűnhődtek, a szebeni polgármester fejével fizetett. Mátyás még az évben hadat viselt István moldvai vajda ellen is, aki az összeesküvés egyik felbujtója volt. Bár egy szerencsétlen ütközetben maga is megsebesült, és seregeit hazarendelte, a román vajda mégis tartott töle,és hűbéres esküre kötelezte magát .Mátyás uralkodása idején (1458–1490) egyetlen komoly török támadás érte Erdélyt. 1479-ben az Al-Dunánál ,Ali bég az erdélyiek figyelmét elvonandó, a Barcaságra küldött csapatokat, ő maga pedig nagyobb sereggel a Lator és a Sebes völgyén át Szászsebes vidékére tört be. Nagy tömeg foglyot ejtett, s előcsapatai Gyulafehérvárt is felprédálták. A főseregnek azonban Báthori István vajda a Hunyad megyei Kenyérmezőn elébe vágott. Itt október 13-án a törökkel vívott legvéresebb erdélyi csata fejlődött ki. Az idejében megérkező Kinizsi Pál, híres temesi ispán beavatkozására a törökök súlyos vereséget szenvedtek, s a következő évtizedben Erdélyt elkerülték.
 
Mátyás halála után,a központi hatalom meggyengült, felerősödtek a belviszályok.1506-ban II. Ulászló király, fia (a későbbi II.Lajos)születésének alkalmával ősi szokás szerint elrendelte az ilyenkor járó székely ököradó behajtását. A magát nemesnek érző katonáskodó székelység méltatlannak tartotta az adókövetelést, hiszen a nemesember Magyarországon akkor már rég nem adózott. Az egyre szegényedő közrendű székelyekre az ököradó súlyos terhet rótt, úgyhogy az anyagi okok és a sértett önérzet lázadást idéztek elő. A rendcsinálásra kiküldött Tomori Pál fogarasi kapitány – a vesztett csatából sebesülten menekült vissza várába, s csak újabb királyi csapatok tudták a veszélyes felkelést elfojtani. 1510-ben a Jagelló házbeli,gyenge jellemű király, Szapolyai Jánost kényszerült a közvélemény nyomására vajdának kinevezni,aki hamarosan,az 1514-es  Székely (Dózsa) György vezette parasztháború leverésével bizonyitotta "rátermettségét". Az Alföldön szerveződő parasztháború hullámai átcsaptak Erdélybe,nemesi kúriák borultak lángba, majd két sóbányász mezőváros, Dés és Torda csatlakozott a felkeléshez,s Abrudbánya, Zalatna, Torockó szintén fellázadt. Szapolyai vajda emberei  azonban mindenütt elfojtották a mozgalmakat, s ő maga is elindult főseregével, mert úgy értesült, hogy Dózsa a parasztok derékhadával Erdélybe készül. Útközben június 18-án Dévára összehívta a három nemzet gyűlését,ott tudta meg, hogy Dózsa Temesvár felé fordult, ezért ő is oda sietett. A temesvári csatában (1514. július 15.) Szapolyai János erdélyi vajda alig 20 ezer fős. többnyire székely könnyűlovasokból álló serege,nagy csatában legyőzte a majd kétszeres túlerőben lévő parasztfelkelőket. Dózsa György és testvére Dózsa Gergely fogságba esett. Később tetteiért testvérével együtt kivégezték.