A régi megyei várak (Dés, Doboka, Kolozsvár, Torda, Gyulafehérvár, Küküllövár) áldozatul estek a tatárdúlásnak. Bár IV. Béla király újabb elemekkel kiegészítve újjászervezte a megmaradt várnépet, a várak katonai jelentöségüket elvesztették. A védelem szerepét a királyi kezdeményezésre épülö,hegyi várak vették át, ezeknek várnagyai irányították a közigazgatást,és a régi megyei várak mint gazdasági központok nyertek új jelentőséget. Dés, Kolozsvár, Gyulafehérvár és Torda falai közé a király telepeseket (hospites) költöztetett. Ezeknek már kizárólag gazdasági hivatást szánt, szabad bíróválasztási, vásártartási, vámmentes kereskedési joggal és adózási könnyítésekkel ruházva fel őket. Német bevándorlók által szerveződött újjá a bányászat, új bányavárosok is keletkeztek: Offenbánya-Aranyosbánya, Torockó. A részben magyar, részben német hospesek és a hasonló jogokat elnyert régi várnépekből jött létre az erdélyi magyar városi polgárság. Gyulafehérvárt és Kolozsvárt még a 13. században az erdélyi püspöknek adományozta a király. Míg az utóbbi 1316-ban a szabad királyi városok közé került, Gyulafehérvár a püspöké maradt. Doboka várát a Kökényes-Radnót nemzetség kapta ajándékba . Küküllővár még egy ideig megtartotta katonai rendeltetését, a 15. században azonban ezt is eladományozták. Az Aranyos és a Maros közti tordai várföldekre 1270 körül székelyek települtek, létrehozva Aranyosszéket. A régi várakhoz tartozó falvak magánkézre kerülvén, a királyi birtok az új várak környékén elterülö hegyvidékre szorult vissza.

1274 és 1284 közt évente cserélődtek a más-más családból származó vajdák,Borsa nembeli Loránd vajda viszont ezt a tisztséget aránylag sokáig,1284 és 1295 közt töltötte be.Végül azonban az erőszakos természetű vajda uralma is véget ért,miután oda merészkedett,hogy 1294-ben fegyverrel támadt a váradi püspökre, sőt a megfékezésére kiküldött királyi csapatokkal is szembeszállt. Bár elkeseredett harcok után sikerült leverni, az utódjául kinevezett Kán nembeli László sem bizonyult  jobbnak: Erdélyt magánbirtokának tekintette,familiárisait tette várnagyoknak,ha valaki vonakodott szolgálatába lépni, annak birtokát elkobozta stb.Hasonló törekvések nyilvánultak meg az ország más vidékein is, úgyhogy 1301-ben, III. András halálakor Magyarország egy tucatnyi tartományúr kezén volt, akik a maguk területén önállóan rendezkedtek be. III. Andrással kihalt az Árpád-ház, és a leányági rokonok közt küzdelem indult meg. A pápa a szicíliai francia Anjou-dinasztia tagját, Károly Róbertet támogatta, ez azonban kezdetben nem tudta az uralkodó osztály rokonszenvét megnyerni, s a többség Ottó bajor herceget hívta meg,őt azonban az erdélyi vajda elfogta,s rátette a kezét a magyar koronára is. Később ugyan,a vajda útjára bocsátotta Ottót, de visszatartotta magánál a királyi koronát.Károly Róbert uralkodásának törvényességét azonban a közvélemény csak abban az esetben volt hajlandó elismerni, ha Szent István koronájával koronáztatja meg magát. A korona pedig László vajda birtokában volt. A pápa követe, Gentile bíboros kezdeményezett tárgyalásokat vele, s mikor ezúton semmit sem tudott elérni, 1309-ben egyházi átok alá vetette,erre a vajda nagynehezen átadta a koronázási jelvényeket.

László vajda azonban továbbra is ura maradt Erdélynek, váraiba nem engedett be királyi őrséget, azt is sikerült megakadályoznia, hogy 1315-ben kinevezett utódja, Pók nembeli Miklós ténylegesen átvegye a vajdaságot. Csak halála után foglalhatta vissza Erdélyt fiaitól az 1316-ban Déva mellett vívott csatában a király hadserege, majd szilárdította meg hatalmát Debreceni Dózsa, akit a király, miután a lázadó Borsa Kopasz volt nádort, Kán László fiainak szövetségesét 1316-ban a debreceni csatában leverte, 1318-ban nevezett ki vajdának.Károly Róbert erdélyi győzelme az ellenálló arisztokráciát érzékenyen sújtotta. Régi, honfoglalás kori és később beszármazott nagy családok vesztették el hütlenségük miatt jószágaikat, s bár nagy részüknek a király utóbb megbocsátott (mint például a Zsombor és Borsa nemzetségeknek), a vezető szerep a kipróbált híveké lett.A következő vajda Kácsik nembeli Szécsényi Tamás, Károly Róbert haláláig (1342) viselte a vajdai tisztséget, és szolgálatai jutalmául bőven részesedett a lázadók elkobzott vagyonából. 1319-ben a Beszterce és a Maros közötti hatalmas tekei uradalmat, majd 1324-ben a Szeben megyei Salgó vár tartozékait kapta meg.Tamás vajda a forrongó Erdélyben erős kézzel teremtett rendet, egész sor garázdálkodó nemest engedelmességre kényszerített, végül pedig a rendetlenkedő szászok ellen fordult,mivel  ezek a püspökkel folytatott vég nélküli viszálykodás során többször feldúlták Gyulafehérvárt, majd Henning péterfalvi geréb vezetésével fellázadtak az új vajda ellen.

A történtek ellenére,az erdélyi nemesi társadalom alapját  ebben a korszakban,továbbra is a honfoglaló nemzetségek leszármazói képviselték.A Zsombor nemzetség Zsombori főága bár a 14. század első felében kihalt, a nevet egy barcasági szász gerébcsalád beházasodó tagjai leányágon vitték tovább. Az egész középkoron át virágzottak azonban két másik ág hajtásai, az Esküllöi Botos, Köblösi Teke, Keresztúri Ördög, a Macskási, Szilvási és Gyulai családok. Az Agmánd nemzetség legnevezetesebb ága a Kecseti volt, de talán ehhez a nemzetséghez tartozott a vagyonos Suki család is. A falvaikról nevezett mellékágak (Mórici, Hesdáti, Péterházi, Nyíresi, Szukereki, Kódori) megyéjük határán túl nem jutottak szerephez. A Borsa nemzetség Erdélyben maradt főága két családban (Iklódi Beke és Majosi) virágzott a középkorban, másik ágát a Szentpáli család képviselte. A Kalocsa nemzetség Szentmártoni főága a 14. század közepén kihalt, az egyik közös ősröl nevezett Kalocsa ág azonban három igen tekintélyes és vagyonos családban (Gerendi, Detrei Urkundfi és Figedi) fennmaradt. A Mikola nemzetség Kemény ága a 17. században erdélyi fejedelemséget viselt. Már a középkorban két főágra vált szét, az elsőböl a Tamásfalvi Erdélyi, a Szentmihálytelki Tompa, a Bikali Vitéz, a Farnasi Veres és a Valkai, a másikból a Gyerőmonostori, illetve Gyerövásárhelyi előnevet viselö Kabos, Kemény, Radó, Mikola, Gyerő és Gyeröfi családok származtak.

Az erdélyi nemesség hatalma Magyarország többi területeihez képest a vajda tartományúri hatalma miatt későn bontakozott ki. Még a 14. század elején is adót fizettek az erdélyi nemesek a királynak, ill. a vajdának, s ez alól csak Károly Róbert mentette fel őket 1324-ben, hálából a szász felkelés leverése körül szerzett érdemeikért. Birtokaik népessége fölött a bíráskodási jogot, tehát a földesúri hatalom teljességét pedig csak 1342-ben nyerték el. A megyei autonómia kivívására irányuló kísérleteik már kevesebb sikerrel jártak. A 14. század elején vannak ugyan Erdélyben is megyei bíróságok az autonómia képviselöivel, a szolgabírákkal együtt, s egyes megyék önálló közgyüléseket is tartanak, a század közepére azonban a vajda központosító törekvései gyöznek, s ettől kezdve nem az egyes megyék tartanak ispánjaik vezetésével közgyülést, hanem a vajda hirdeti meg azt (rendesen Tordára) a hét erdélyi megyének együttesen, s itt választják meg közös akarattal a megyék szolgabíráit is, megyénként kettőt . A vajda tehát az erdélyi megyéket mint egyetlen megyét kormányozta, ami nagymértékben útjában állt a helyi önkormányzatok kifejlödésének. Így az erdélyi nemesek egyénileg birtokába jutottak azoknak a jogoknak, melyek a nemest a nem nemestől országszerte megkülönböztették, de testületileg, mint társadalmi rend, politikai súlyukat a vajdával szemben érvényesíteni nem tudták. Megakadályozta ezt az úgynevezett familiaritás társadalmi intézménye is, mely a nagybirtok kialakulásával párhuzamosan kezdett elterjedni.A szegényebb szabadok önként kezdték az előkelöknek szolgálataikat felajánlani. Ezeket az úr családjába fogadta (innen familiáris nevük), s eltartásukra és jogi védelmükre kötelezettséget vállalt, a familiárisok pedig esküt tettek a hüséges szolgálatra.  Jutalmul gyakran birtokadományt kaptak uruktól, ha pedig az a király kegye révén országos méltóságba jutott, a tőle függő alsóbb rendü tisztségeket velük töltötte be. Mivel a középkori magyar közigazgatásban a király csak a csúcstisztviselöket nevezte ki személyesen, a nagyurak familiárisai jelentős szerepet játszottak a közép- és alsó fokú közigazgatásban.

Erdélyben ennek megfelelöen a vajda ,familiárisai közül nevezte ki az alvajdát, állandó helyettesét, aki egyúttal Fehér megye ispánja is volt. Az ősfoglaló nemzetségekböl, a Borsa már a 13. században két alvajdát is adott, Almási Lászlót és Györgyöt, rokonuk, Loránd ,a vajdaságig vitte. A megyék ispánjait (az ország többi részében a megyésispánt) közvetlenül a király nevezte ki a legelőkelöbb családok tagjai közül, ök viszont személyes híveik sorából válogatták ki az alispánokat. Mivel az ispáni tisztség jövedelmezö és tekintélyt biztosító volt, még a vagyonosabb erdélyi családok tagjai közül, többek közt az Agmánd, Borsa, Kalocsa és Mikola nemzetségekböl is többen vállalkoztak betöltésére, s így az erdélyi kis- és középnemesség széles rétegei kerültek a vajdával familiárisi viszonyba, ami erősen növelte annak hatalmát. Ennek tulajdonítható, hogy a legvagyonosabb arisztokrata családok sem versenyezhettek Erdélyben a vajda társadalmi tekintélyével, még akkor sem, ha a vajda, mint általában, nem erdélyi, hanem más országrészbeli családból származott, s így Erdélyben nem voltak nagy birtokai. A hatáskörébe tartozó tisztségekbe helyezett, részben családi birtokairól magával hozott, részben Erdélyben toborzott familiárisai révén a nemesi társadalom széles rétegeit így is magához tudta kötni.